Aun cuando la tecnología básica como el bloque programable y los motores son los mismos en ambas versiones y por lo tanto compatibles entre si, las piezas incluidas y algunos sensores no son iguales.
Por lo cual es muy probable que no puedas construir un robot diseñado para 1.0 con un kit 2.0 y viceversa.
Ahora bien, ¿ Qué versión tengo ? Las cajas de las versiones retail son estas:
Version 1.0 (Set 8527):

Version 2.0 (Set 8547):

Existe una tercera versión, esta es vendida a través de los canales de educación de LEGO y generalmente solo está disponible para escuelas e instituciones educativas. Esta incluye charolas plásticas para acomodar las piezas (Set 9797).

Primero que nada la versión 1.0 y la versión educación son muy similares entre si, de hecho si ademas del "Education NXT Base Set (9797)" tienes también el Education Resource Set (9648) podrás construir prácticamente todos los robots diseñados para la versión 1.0.
Ahora bien, la historia con la versión 2.0 es completamente diferente. El tipo y la cantidad de las piezas comparada con la versión uno es muy diferente (para dar ejemplos, ya no hay sensor de sonido, menos engranes, no hay vigas de 15 unidades, etc).
Entonces, si estas viendo un diseño en internet tendrás que fijarte muy bien si está diseñado para el kit 1.0 o el 2.0. Y ya que la versión 2.0 es muy nueva muchos diseños no hacen mención pero probablemente estén diseñados para el set 1.0.
Hay sitios excelentes como NXT Programs que tienen secciones separadas para cada kit, pero por el momento este tipo de páginas son una excepción a la regla.
Otro problema son los libros, claro que los que estan diseñados para la primera versión del Lego NXT no traen esta información (ya que la 2.0 no existía cuando salieron al mercado). Para esto afortunadamente David J. Perdue ha recopilado una lista de todos los libros para el NXT y para que versión aplica. Visita su sitio BooksNBots.
Existe una idea flotando por el internet, de que LEGO podría vender solo las piezas diferentes de un kit a otro para que puedas comprar solo este paquete y ya poder construir los robots diseñados para las dos version. Desafortunadamente LEGO aun no ha sacado tal kit.
Existe algunas terceras partes que están creando y vendiendo tales kits, como esta página que vende todas las piezas necesarias para hacer que el kit 2.0 pueda construir todos los robots de la versión 1.0 (por USD $80, que es buen precio si se considera el precio del kit anterior era de USD$250)